La limpieza del espejo de agua del Río Matanza Riachuelo es una de las principales actividades relacionadas con el saneamiento de la Cuenca.
La labor de las embarcaciones y las 16 barreras flotantes distribuidas en el sector comprendido entre la desembocadura del curso principal y el puente sobre el Camino de Cintura (Ruta Provincial 4) permiten la remoción sistemática y periódica de los residuos sólidos flotantes presentes en el espejo de agua.
Asimismo, se continúa con la limpieza manual y el mantenimiento de los taludes de las márgenes y el retiro de residuos voluminosos –grandes electrodomésticos, troncos y objetos varios – que obstruyen el normal flujo del agua.